Eine interessante Neuerung im Kampfsystem stellen die Fusion-Angriffe dar. Haben Sie durch Kämpfe genug Fusion-Power gesammelt, so ist es durch eine simple Tastenkombination möglich, gemeinsam mit einem anderen Superhelden seiner Gruppe einen äußerst starken Angriff durchzuführen. Generell werden drei verschiedene Fusion-Powers unterschieden, die sich auch im Zweck des Angriffs unterscheiden: es gibt etwa Angriffe die Schaden auf eine bestimmte Stelle bzw. Person konzentrieren oder es gibt die Möglichkeit in kurzer Zeit sehr viele Gegner rasch zu eliminieren. Jede Kombination zweier Helden besitzt eine ganz spezielle Fusion-Power.
Leider wird das Kampfgeschehen sehr schnell sehr unübersichtlich. Vor allem einige Fusion-Attacken lassen einen mit fragenden Blicken zurück, es geht einfach viel zu turbulent zu. Ein weiterer Faktor, der zur Unübersichtlichkeit beiträgt, ist die furchtbare Kameraführung, denn es ist nur begrenzt möglich nachzujustieren. Schade, dass hier nicht besser abgestimmt wurde..
Am Spielgeschehen an sich hat sich nichts geändert, auch diesmal steuern Sie vier Helden ziemlich geradlinig durch die Levels und wechseln per Tastendruck zur gewünschten Spielfigur, während die drei anderen vom computergesteuert folgen. Durch erledigte Gegner erhalten Sie Erfahrung und können diese dann dazu verwenden, Kräfte weiter auszubauen oder grundlegende Kampfcharakteristika zu steigern.
Am Ende des 1. Aktes nimmt die Story dann gehörig an Fahrt auf, denn hier müssen Sie sich entscheiden auf welcher Seite Sie stehen. Unterstützten Sie Captain America oder Iron Man? Diese Frage entscheidet über den weiteren Spielverlauf, denn je nachdem für welche Seite Sie sich schlagen, folgen unterschiedliche Levels bzw. unterschiedliche Sichtweisen der Levels. Außerdem ist nicht jeder Held auf jeder Seite spielbar. Wer Gefallen an der Story gefunden hat, wird das Spiel auf jeden Fall ein zweites Mal durchspielen, um zu erfahren wie die Story auf der anderen Seite verläuft.