Die Geschichte spielt sich in einem alternativen Zweiten Weltkrieg ab: Die Allianz und das Imperium bekriegen sich fortwährend wegen eines Rohstoffs, der sich Ragnite nennt. Zwischen den zwei Fronten befindet sich ein kleines Land namens Gallian. Das Problem dieses Landes ist, dass es noch so gut wie unberührte Ressourcen des begehrten Ragnites hat. Soweit wäre das schon ein durchschnittliches Strategiespiel ohne viel Hintergrund und einer Map nach der anderen.
Aber da das Spiel von unseren asiatischen Freunden entwickelt wurde, geht es natürlich auch um Liebe, Freunde, Betrug und vor allem Ehre. Die Geschichte beginnt, als der junge Student Welkins in sein Heimatdorf zurückkehrt und sofort von der pflichtbewussten Alicia wegen des Verdachtes auf Spionage verhaftet wird. Schnell stellt sich heraus, dass Welkin der Sohn des verstorbenen Generals ist. Nachdem das Imperium das Dorf angreift, ist es Pflicht, die Zivilisten zu evakuieren und die Feinde so lange wie möglich außerhalb der Stadtmauern zu halten.
Nachdem alle Unschuldigen in Sicherheit sind, muss nur noch die eigene Flucht organisiert werden. Während Alicia weiterhin mit dem Feind kämpft, will Welkin seine Schwester und seine Mutter noch aus dem Gefahrenbereich bringen. Da sich aber auch dort die Feinde langsam sammeln, packt seine Schwester Isara ihre Trumpfkarte aus: den legendäre Panzer des verstorbenen Generals!
Trotz allem
bleibt „Valkyria Chronicles“ ein Strategiespiel. Die Geschichte wird in einem Buch erklärt, das nach jeder Schlacht oder Filmchen ein neues Kapitel zugänglich macht. Zu Beginn und in Richtung Ende gibt es natürlich so einige Kapitel, die nur Filmsequenzen beinhalten. Die Schlachten sind aber keineswegs vernachlässigt worden. Meistens wird eine kleine Filmsequenz eingeblendet und dann folgt das Briefing, dass das nächste Kampfareal in der Vogelperspektive mit sämtlichen Informationen anzeigt.