Sie beginnen die Reise in Ihrem Spaceship, das auf dem Weg zur USG Ishimura ist, um eine Notwartung durchzuführen. Als besonderen Ansporn ist eine gewisse Nicole auf dem Schiff, die eine gute Bekannte von Ihrem Alter-Ego Isaac Clarke ist. Auf dem Schiff angekommen, geht es nach einem kurzen Tutorial gleich ordentlich zur Sache und Sie werden von Ihrem Team getrennt. Schnell kommt das Spiel in das Genre, das es verkörpern will hinein: Horror-Survival!
Da leider der Sternenkreuzer in alle Einzelteile zerfällt, als Sie wieder weg wollen, bleibt Ihnen nichts anderes übrig, als Herr über die Situation zu werden. Da die Ishimura schon sehr in Mitleidenschaft gezogen wurde, ist das große Hauptziel, das Schiff wieder zum Laufen zu bringen. Nach und nach starten Sie so alle Sektionen des Schiffs neu und erfahren so einiges über ein mysteriöses Alienartefakt, das anscheinend die Ursache des ganzen Schlamassels ist.
Logisch
setzten sich die einzelnen Kapitel der Geschichte zusammen. So gilt es zu aller erst mal den Motor wieder auf Vordermann zu bringen. Wenn das System mal läuft wird sich um den Rest der gigantischen Basis angenommen. Zum Beispiel müssen Sie die Asterioidenabwehrkanone wieder neu kalibrieren oder einen Virus der sich auf dem Schiff breit macht beseitigen. Sehr geschickt ist der Übergang zu den einzelnen Sektoren gemacht. In dem Spaceship ist ein Transportsystem integriert, dass wegen der irrsinnigen Größe auch nochwendig ist. Ein Kapitel fängt so an dass Sie mit so einem Shuttle an einer Station andocken und endet damit dass Sie wieder in eine andere Station fahren. In den Kapiteln gestalten sich die Aufgaben recht anspruchslos in Schalterrätsel und in Objekträtsel die sich so gestallten dass man in einem Raum der am anderen Ende der Station ist eine Schlüsselplatine ist die geholt werden muss um sie dann in ein Terminal einzufügen. Diese Rätsel wiederholen sich zwar ständig sind aber dank der brutalen Action eher nebensächlich.