Wie zuvor bei den Versionen, die auf dem Game Boy und dem Game Boy Color erschienen, ist es hier wieder Ihre Aufgabe, als Ash sämtliche Monster bzw. Pokémon der Spielwelt einzusammeln. Die einzige Möglichkeit, das zu tun ist, mit dem Pokémon, dass Sie zu Anfang des Spiels erhalten, weitere Pokémons zu fangen und diese dann ebenfalls gegen weitere Pokémon antreten zu lassen.
Das Spiel findet auf einer typischen Fantasy-Welt statt. Sie übernehmen die Rolle von Ash, einem Jungen, dessen sehnlichster Wunsch es ist, der berühmteste Pokémon-Trainer der Welt zu werden. Pokémon sind die Tiere bzw. Monster, die in dieser Welt leben. Sie zeichnen sich dadurch aus, dass sie nichts lieber tun, als gegeneinander im Kampf anzutreten und dadurch immer stärker zu werden. Von Zeit zu Zeit mutieren sie dann und verwandeln sich in ganz neue Arten. Doch um der berühmteste Pokémon-Trainer der Welt zu werden, braucht Ash zunächst ein eigenes Pokémon. Freundlicherweise stellt ihm Prof. Eich, der natürlich der berühmteste Pokémon-Forscher der Welt ist, gleich zu Beginn des Spiels eines von drei dieser possierlichen Tierchen zur Verfügung.